La fonología estudia los fonemas, las unidades mínimas de sonido con valor distintivo que permiten diferenciar significados, como /p/, /s/ o /a/. Se diferencia del fono o alófono, que es la realización concreta de cada fonema en el habla y se representa entre corchetes, como [h] o [β].

El español peruano, como todo el español americano, parte de dos rasgos generales: el seseo, que elimina el fonema /θ/ y hace que casa y caza suenen igual [kasa], y el yeísmo generalizado, que pierde /ʎ/ y hace que calle y caye suenen igual. Sobre esta base de 5 vocales y 17 a 18 consonantes, el Perú no crea fonemas nuevos, sino que varía su pronunciación.

La clave para entender el tema es la oposición entre costa debilitadora y sierra conservadora y tensa. En Lima y la costa norte la /s/ final se aspira [h] o se elide, la /d/ intervocálica se pierde en -ado y la /x/ se suaviza [h]. En la sierra sur andina, por contacto con el quechua y aimara, la /s/ se mantiene plena y tensa, la /x/ es velar fuerte [x], la /r/ se asibila y aparece el motoseo e>i, o>u. La Amazonía y la zona afroperuana aportan rasgos propios como la /y/ abierta [j] y la geminación.