La evangelización fue la justificación espiritual de la Conquista del Perú. Mediante el Patronato Real (Bulas de Alejandro VI, 1493, y Universalis Ecclesiae, 1508), la Corona española se comprometió a evangelizar a los indígenas y, a cambio, el Papa le otorgó control sobre la Iglesia en América: nombramiento de obispos, cobro de diezmos y autorización de parroquias. Así, la evangelización tuvo un doble objetivo: religioso (convertir y extirpar la idolatría) y político-cultural (aculturar al indígena como vasallo tributario del Rey).

Las órdenes religiosas fueron las protagonistas de la primera evangelización en el siglo XVI: dominicos, franciscanos, mercedarios, agustinos y jesuitas emplearon métodos como las doctrinas y reducciones (pueblos de indios concentrados), la catequesis en lenguas nativas ordenada por el III Concilio Limense (con el Catecismo Trilingüe en quechua, aimara y puquina), el teatro, la música y la pintura, y el sincretismo religioso, que sustituyó huacas por cruces y superpuso fiestas cristianas sobre fiestas andinas, como el Corpus Christi sobre el Inti Raymi.

La Iglesia colonial se organizó con el Arzobispado de Lima (1546), los concilios limenses —especialmente el III, presidido por Santo Toribio de Mogrovejo— y campañas de extirpación de idolatrías en el siglo XVII, que destruyeron mallquis y huacas y provocaron resistencias como el Taki Onqoy. El Tribunal del Santo Oficio (1570) juzgaba herejías, pero no a los indígenas, considerados neófitos.

La santidad colonial limeña (Santa Rosa de Lima, San Martín de Porres, San Juan Macías, San Francisco Solano y Santo Toribio de Mogrovejo) expresó el fervor barroco de la época. La cultura colonial fue elitista y excluyente: universidades como San Marcos (1551, la primera de América), colegios mayores, colegios de caciques, la primera imprenta (Antonio Ricardo, 1584) y grandes crónicas como las del Inca Garcilaso y Guamán Poma. El arte barroco mestizo —con la Escuela Cusqueña de pintura, las catedrales y el himno quechua Hanacpachap— fue a la vez instrumento evangelizador y expresión del mestizaje cultural peruano. En síntesis, la evangelización fue un proyecto de control social que destruyó la religión oficial inca pero toleró formas andinas, generando el sincretismo que fundó la cultura peruana colonial y moderna.