El tubo digestivo es un tubo muscular largo, hueco y continuo que va desde la boca hasta el ano y mide unos 9 metros en el adulto. La comida viaja por dentro sin salirse y en cada tramo se tritura, se moja y se separa lo útil. No es lo mismo que el sistema digestivo: el sistema incluye además las glándulas anexas como salivales, hígado y páncreas, que ayudan desde fuera fabricando jugos.

El recorrido siempre sigue el mismo orden. En la boca los dientes cortan y muelen y la lengua forma el bolo alimenticio. La faringe es un cruce corto donde la epiglotis cierra la vía aérea al tragar, y el esófago de unos 25 cm empuja el bolo al estómago. El estómago es una bolsa que bate de 2 a 4 horas con jugo gástrico ácido de pH 2 y forma el quimo. El intestino delgado, de 6 a 7 metros con duodeno, yeyuno e íleon, termina el corte y absorbe nutrientes a la sangre formando quilo. El intestino grueso, de 1,5 metros con ciego, colon y recto, absorbe agua y sales y forma las heces, que se guardan en el recto y salen por el ano.

La pared del tubo siempre tiene las mismas 4 capas de dentro hacia fuera: mucosa, submucosa, muscular y serosa. La mucosa toca la comida, produce moco y jugos y forma vellosidades en el delgado para absorber. La submucosa sostiene con vasos y nervios. La muscular es doble músculo liso que aprieta y acorta. La serosa envuelve y permite deslizar; en el esófago se llama adventicia.

La comida avanza por peristaltismo, una ola de contracciones que empuja hacia adelante como apretar un tubo de pasta dental, y se mezcla por segmentación, como amasar. Los esfínteres son puertas musculares, como el píloro, que dejan pasar poco a poco. Hay digestión mecánica, romper en trozos sin cambiar la molécula, y digestión química, cortar moléculas grandes en pequeñas con enzimas y agua, como el almidón en glucosa. El ejemplo del pan con queso muestra todo el proceso: troceado en boca, transporte seguro, batido ácido, absorción en vellosidades, secado con ayuda de bacterias y salida controlada.