Las bacterias son las grandes recicladoras de la naturaleza. Sin ellas, los restos muertos se acumularían como basura en una ciudad sin basureros y las plantas se quedarían sin alimento. Gracias a su trabajo invisible de limpieza y reciclaje, la materia se reutiliza una y otra vez y la vida puede seguir.

Su primera función es descomponer lo muerto y devolver alimento al suelo. Como descomponedoras más importantes, rompen hojas, madera y animales muertos en partes muy simples llamadas nutrientes, que las plantas absorben por la raíz. Sin este paso los nutrientes quedarían atrapados en los cadáveres; con bacterias vuelven al suelo, las plantas crecen y los animales comen plantas.

Además son el motor de los ciclos biogeoquímicos. En el ciclo del nitrógeno realizan la fijación de nitrógeno, que transforma el N2 del aire en compuestos usables como NH4+ y NO3-, sobre todo en el suelo y en raíces de legumbres como frijol y soya. En el ciclo del carbono y del oxígeno, las cianobacterias hacen fotosíntesis, toman CO2 y liberan O2, mientras otras bacterias devuelven CO2 al aire al respirar.

Finalmente ayudan a otros seres vivos mediante simbiosis y limpian el ambiente con biorremediación. Viven en intestinos de vacas y termitas para digerir pasto y madera, dan NO3- a las plantas a cambio de azúcares y alimentan a organismos pequeños en el océano. También comen petróleo y venenos del suelo y los transforman en sustancias menos dañinas.