Las evidencias de la evolución son pistas observables y comprobables que muestran que las especies cambian poco a poco durante millones de años y comparten antepasados comunes. Como un detective que llega después de los hechos, la biología reconstruye el pasado con huellas, cuerpos, embriones, mapas y moléculas. Ninguna pista sola lo prueba todo, pero juntas forman un rompecabezas muy sólido.

Los fósiles guardados en estratos muestran el cambio en el tiempo: las capas de abajo son más viejas y tienen formas simples, las de arriba son más nuevas y parecidas a las actuales. Las formas transicionales como Archaeopteryx, Tiktaalik y las ballenas primitivas conectan grupos grandes con mezcla de rasgos. La anatomía comparada distingue órganos homólogos de mismo origen que prueban parentesco, órganos análogos de misma función que prueban adaptación, y órganos vestigiales que son rastros de un pasado útil.

Los embriones de pez, pollo, gato y humano empiezan muy parecidos, con hendiduras en el cuello y cola, porque siguen el mismo plan antiguo de construcción. La biogeografía, el mapa de la vida, muestra especies únicas en islas parecidas a las del continente cercano y marsupiales diversificados en Australia por aislamiento. Finalmente, el ADN y las proteínas son la prueba más fuerte: el código es casi universal, a mayor cercanía mayor similitud como el 98% entre humano y chimpancé, y los parientes comparten las mismas mutaciones heredadas.