La filosofía busca el sentido último de todo con la razón, la ciencia explica cómo funciona la naturaleza con pruebas y la religión da sentido a la vida desde la fe en lo sagrado. Son tres formas de buscar la verdad que hacen preguntas distintas y usan reglas distintas para aceptar algo como verdadero. Con la analogía del enfermo antes de un examen se entiende a la primera: el científico busca la causa física con análisis, el filósofo piensa qué es estar sano y su sentido, y el creyente busca consuelo y propósito con la oración.

Se diferencian en tres pasos. Primero, por su objeto, aquello que quieren conocer: la filosofía estudia el todo y sus fundamentos últimos como la verdad, el bien y por qué existe el mundo; la ciencia estudia una parte observable y medible como el cuerpo o los planetas; la religión estudia lo sagrado y trascendente como Dios, el alma y el destino humano. Segundo, por su método: la filosofía usa la razón crítica que duda y argumenta sin laboratorio; la ciencia usa el método científico de observar, medir y experimentar y solo acepta lo verificable y repetible; la religión usa la fe como confianza profunda y la revelación recibida de Dios, apoyada en dogmas y textos sagrados.

Tercero, por el tipo de verdad que buscan. La filosofía busca una verdad racional y abierta, siempre en discusión, cuya prueba es la coherencia lógica y cuya finalidad es comprender y pensar bien. La ciencia busca una verdad provisional, comprobable y falsable, que vale hasta un mejor experimento, cuya prueba son datos repetibles y cuya finalidad es explicar y predecir para actuar. La religión busca una verdad absoluta para el creyente, que da certeza y sentido, cuya prueba es el testimonio y la experiencia interior y cuya finalidad es creer y orientar la conducta. Ante la duda, la filosofía parte de ella, la ciencia la resuelve con más datos y la religión la vive con confianza.

Con la pregunta ¿tuvo el universo un inicio? se ve la complementariedad: la ciencia calcula cuándo empezó con datos de expansión hace unos 13.800 millones de años; la filosofía pregunta qué significa inicio, tiempo y causa primera con argumentos; la religión afirma que Dios creó el mundo por amor y con propósito desde la fe. La ciencia dice cómo y cuándo, la filosofía qué significa y la religión para qué y por quién. No se distinguen solo por el tema, sino sobre todo por su método y lo que aceptan como prueba.