Después de la conquista, el Perú vivió un periodo de caos entre 1530 y 1548. Los conquistadores peleaban entre ellos por la encomienda y el botín, sin una autoridad fuerte. El rey de España, desde lejos, necesitaba ordenar la casa: poner un encargado, dictar reglas y asegurar la caja fuerte. A ese proceso de ordenar se le llama consolidación.

El primer paso fue apagar el incendio de las guerras civiles. En 1542 el rey dictó las Leyes Nuevas, que declaraban a los indios vasallos libres y limitaban los abusos de la encomienda. Los encomenderos, liderados por Gonzalo Pizarro, se rebelaron y mataron al primer virrey Blasco Núñez Vela. El pacificador Pedro de La Gasca los derrotó en 1548 y devolvió la paz.

Con la paz, España instaló su organigrama americano. Creó el Virreinato del Perú en 1542 como sucursal del rey, la Real Audiencia de Lima en 1543 como corte de justicia que vigilaba al virrey, y el gobierno local con corregidores que cobraban el tributo, cabildos de españoles y doctrinas para evangelizar. El gran organizador fue el virrey Francisco de Toledo (1569-1581), que juntó a los indios en reducciones, separó la república de españoles y la república de indios, y dictó ordenanzas generales.

La base económica de todo el sistema fue la caja real: el tributo pagado por los indios en plata, maíz o trabajo, y la mita minera, turno obligatorio donde de cada 7 varones tributarios 1 iba a minas como Potosí y Huancavelica. La Iglesia, con los Concilios Limenses y la Inquisición de 1570, aseguró el control religioso. Así quedó un orden que duró casi 300 años.