La minería fue el corazón de la economía del Virreinato. Como una bodega que sostiene a toda una familia, la mina de plata sostenía a todos: si producía, había impuestos para España y comercio para Lima; si caía, toda la casa se derrumbaba. Por eso haciendas, obrajes y comercio dependían de ella.

España necesitaba plata para acuñar monedas y pagar soldados, barcos y guerras en Europa. Las monedas se fabricaban en la Casa de Moneda de Lima, fundada en 1565. Como el rey era dueño del subsuelo, cobraba el quinto real, es decir, la quinta parte de la plata declarada, o sea el 20%.

Los centros clave fueron Potosí, descubierto en 1545 y la mina de plata más rica del mundo, y Huancavelica, descubierta en 1559, que daba azogue o mercurio líquido sin el cual no se podía procesar la plata. Después destacaron Pasco o Yauricocha, descubierta en 1630 y que crece en el siglo XVIII, más Oruro, Carabaya y Hualgayoc como centros secundarios.

La plata se sacaba en pasos: encontrar la veta, abrir el socavón, moler en el ingenio, atrapar la plata con azogue por amalgamación con el método de patio de Bartolomé de Medina en 1554, y fundir primero en huayra y luego en hornos para llevarla a la Caja Real a quintar. El trabajo duro lo hacían los mitayos por la mita minera organizada por el virrey Toledo en 1570, en condiciones mortales, junto a pocos mingados libres a jornal. La Corona controlaba las minas, el impuesto y el azogue de Huancavelica.